Zgodnie z zapisami umowy beneficjenci zobowiązani są m.in. do prowadzenia oddzielnego systemu rachunkowości albo korzystania z odpowiedniego kodu rachunkowego, o których mowa w art. 75 ust. 1 lit. C pkt. 1 i rozporządzenia 1698/2005, dla wszystkich transakcji  związanych z realizacją operacji, w ramach prowadzonych ksiąg rachunkowych albo przez prowadzenie zestawienia faktur lub równoważnych dokumentów księgowych  na formularzu udostępnionym przez Urząd Marszałkowski, gdy Beneficjent nie jest zobowiązany do prowadzenia ksiąg rachunkowych na podstawie odrębnych przepisów.
   
Nie zastosowanie się beneficjenta do tego obowiązku  powoduje pomniejszenie o 10 % kosztów  podlegających refundacji